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#Actualités du secteur
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Prise des méthodes de dépistage au prochain niveau
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CRISPR-UMI, une méthode nouvelle développée à IMBA, facilite les écrans extrêmement robustes et sensibles en dépistant les mutants simples dans une population des cellules
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« Le tout est plus grand que la somme de ses parties » est un adage qui s'applique à beaucoup de concepts dans la biologie. Pour les écrans génétiques, cependant, c'est les différentes pièces, c.-à-d. les différentes cellules, qui sont le centre de la prochaine génération des écrans CRISPR-Cas9. Mutants simples dans une population indiquer les nouveaux résultats qui pourraient révolutionner pour viser la découverte et pour offrir des analyses fraîches dans les systèmes biologiques de la différenciation cellulaire et du cancer.
Ces dernières années, les différents laboratoires avaient travaillé à améliorer CRISPR examinant la technologie en optimisant l'efficacité de guide, le specifity de sur-cible, et les variantes Cas9. Mais jusqu'ici, personne n'a pu aborder le souci de l'hétérogénéité cellulaire, qui affecte la précision des résultats de criblage. Le laboratoire d'Elling a maintenant surmonté cette limitation. Comme signalé dans la question actuelle des méthodes de nature, le laboratoire a développé un nouveau paradigme examinant qui permet à des scientifiques de dépister différentes cellules de mutant dans un écran. Cette percée permet la détection des annexes dans les populations qui mèneraient autrement à des conclusions incorrectes et d'ailleurs peuvent se concentrer sur la fraction des cellules montrant un phénotype vraisemblablement dû à la mutation homozygote des gènes par CRISPR/Cas9. Elle laisse également mesurer l'indépendant de phénotype sur l'aspect technologique de la façon dont des cellules efficaces de coup de grâce sont produites. La méthode innovatrice se fonde sur l'addition de barcoding élevé d'une complexité système-ou de l'identificateur moléculaire unique (UMI) — celui marque uniquement chaque clone de mutant dans une population. « Au lieu d'examiner une piscine des cellules avec le statut génétique variable, nous pouvons maintenant regarder des centaines de cellules indépendantes avons dérivé des clones séparément. Cette méthode l'a rendu possible à fiable s'assurent de nouvelles cibles de drogue pour la thérapie de cancer », a dit Georg Michlits, le premier auteur.
Des événements biologiques avec la basse probabilité, telle que reprogrammer un fibroblaste à une cellule souche ou à la formation de la métastase, peuvent être considérés des événements stochastiques. Un écran conventionnel est sensible à la taille de l'événement (grande colonie cellulaire de cellule souche ou grande métastase), mais n'évalue pas la probabilité (règlement) de l'événement lui-même qui est reflété en nombre contre la taille. Utilisant CRISPR-UMI, le laboratoire d'Elling examiné pour les gènes qui empêchent la reprogrammation des cellules différenciées au pluripotency. « Nous pouvions mesurer directement le nombre et la taille de colonies cellulaires indépendantes d'IPS qui sont apparues dans l'écran, indiquant si les gènes choisis règlent la vitesse ou la probabilité du commutateur au pluripotency. CRISPR-UMI a donc permis une interprétation biologique directe des résultats de criblage, » a dit Ulrich Elling, chef de groupe à l'institut de la biotechnologie moléculaire (IMBA).