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#Actualités du secteur
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Un hôpital brésilien crée le premier test génétique pour le SRAS-CoV-2
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L'un des trois premiers hôpitaux privés du Brésil, l'hôpital Israelita Albert Einstein de São Paulo, a mis au point en deux mois seulement le premier test de diagnostic du SRAS-CoV-2 au monde, basé sur la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS).
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La NGS consiste à lire de petits fragments d'ADN et est couramment utilisée pour identifier des maladies et des mutations génétiques.
Le nouveau test a une sensibilité de 90% - c'est-à-dire qu'il détecte le virus dans 90% des cas et a un taux de 10% de faux négatifs - et une spécificité de 100%, ce qui signifie qu'il ne présente pas de faux positifs. Il est également capable de détecter l'infection dès le premier jour. La méthode standard habituelle (RT-PCR, reverse-transcriptase-polymerase chain reaction) fonctionne également dès le premier jour et avec le même niveau de sécurité, car elle consiste également en une analyse du matériel génétique de l'organisme envahissant. L'avantage du nouveau test de l'hôpital Israelita Albert Einstein, cependant, est que ses techniques de séquençage ainsi que l'utilisation de l'intelligence artificielle créent un processus automatisé qui permet d'évaluer simultanément jusqu'à 1 536 échantillons (voir les étapes du processus ci-dessous).
Cela représente un volume de traitement 16 fois supérieur à celui de la méthode RT-PCR, qui ne peut traiter que 96 échantillons à la fois et nécessite un nombre de machines considérablement plus important. La nouvelle méthode a commencé à être utilisée à l'hôpital en juin, et l'institution s'attend à analyser jusqu'à 24 000 tests par semaine.
Le développement de cette nouvelle méthode de test n'a été possible que parce que, en plus d'investir massivement dans la recherche et l'innovation, l'hôpital était déjà réputé pour son expertise en matière de tests génétiques liés au cancer et aux maladies génétiques. Le nouveau test a déjà été breveté et l'hôpital prévoit de concéder une licence pour cette technologie à d'autres hôpitaux et laboratoires. La nouvelle méthode n'entre pas en concurrence avec la RT-PCR pour les ressources, car les fournitures nécessaires à ces deux techniques diffèrent.
L'examen coûte moins de 250 BRL (37 euros), ce qui est le coût moyen de la méthode RT-PCR au Brésil. Les résultats sont traités dans les 72 heures suivant le prélèvement de l'échantillon.
Étapes de la nouvelle méthode d'essai
1) Tout comme dans la méthode RT-PCR, les échantillons des patients sont prélevés sur le pharynx ou la région nasale à l'aide de longs cotons-tiges stériles, puis préparés pour l'analyse.
2) Avec une série de catalyseurs utilisés selon un protocole développé par l'hôpital, l'extraction de l'ARN du virus commence. Ce processus prend moins de 30 minutes, contre environ trois heures dans la méthode RT-PCR.
3) Une fois que le matériel génétique du virus a été extrait, les experts utilisent l'enzyme transcriptase inverse pour transformer l'ARN en ADN complémentaire (ADNc). Comme certains autres virus, le CoV-2 du SRAS ne possède que de l'ARN, d'où la nécessité de cette adaptation innovante de la technique NGS.
4) L'étape suivante consiste à utiliser la base de données de séquençage et ses amorces universelles pour identifier les parties du matériel génétique du virus qui sont pertinentes pour le diagnostic. Les amorces universelles sont de simples brins d'ADN qui agissent comme une sorte d'"appât" permettant aux spécialistes d'isoler uniquement les séquences souhaitées. C'est pourquoi on dit que les amorces "amplifient" le matériel génétique nécessaire jusqu'à un facteur de 100 millions. Comme l'hôpital a beaucoup travaillé sur le séquençage du génome du nouveau coronavirus au début de la pandémie, il disposait déjà d'une bibliothèque de séquençage complète.
5) Le processus de séquençage de l'ADN proprement dit commence.
6) Enfin, l'outil bioinformatique Varstation - également développé par l'hôpital - est utilisé. Grâce à l'utilisation d'un pipeline (une séquence d'instructions de calcul divisée en étapes) basé sur un algorithme d'intelligence artificielle, le Varstation® identifie automatiquement les patients et leurs résultats respectifs.
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