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#Actualités du secteur
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Une nouvelle manière de détecter tout virus humain
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Quelques virus, comme Zika, peuvent être provocants pour étudier quand ils causent soudainement des manifestations parce qu'ils peuvent être durs pour détecter dans les prises de sang.
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Maintenant, les scientifiques dans le laboratoire de Pardis Sabeti à l'institut là large ont créé une manière de concevoir les amorces moléculaires qui peuvent saisir les particules virales. Le nouvel outil, a appelé le CROCHET, permettra à des chercheurs d'étudier les virus qui sont seulement présents aux niveaux bas dans les échantillons cliniques. Le travail a été rapporté en biotechnologie de nature. Discussess de Sabeti comment nous surveillons et répondons aux manifestations de maladie infectieuse dans la vidéo. « Car l'ordonnancement genomic devient une partie critique de surveillance de la maladie, les outils comme le CROCHET nous aideront et d'autres détectent des manifestations plus tôt et produire de plus de données sur les agents pathogènes qui peuvent être partagés avec les communautés de la recherche scientifiques et médicales plus larges, » a dit l'auteur Co-supérieur de l'étude Christian Matranga, qui fonctionne maintenant avec un démarrage biotechnologique.
Des particules virales peuvent être capturées, même aux niveaux bas, avec les techniques metagenomic, qui visent à ordonnancer tout les matériel génétique dans un échantillon. Mais ces virus de bas niveau peuvent se perdre dans le montant considérable d'information génétique d'autres sources, comme les microbes et l'ADN de patient.
Les scientifiques dans le laboratoire de Sabeti ont eu besoin d'une manière d'employer des sondes qu'ils avaient déjà faites pour détecter des morceaux d'ADN virale, tout en également enrichissant les microbes qui étaient présents aux niveaux bas, comme Zika.
« Nous avons voulu repenser comment nous concevions réellement les sondes pour faire la capture, » avons dit l'étudiant de troisième cycle Hayden Metsky de MIT. « Nous nous sommes rendus compte que nous pourrions capturer des virus, y compris leur diversité connue, avec moins sondes que nous avions employé avant. Pour faire à ceci un outil efficace pour la surveillance, nous avons alors décidé d'essayer de viser environ 20 virus à la fois, et nous avons par la suite mesuré jusqu'aux 356 espèces virales connues pour infecter des humains. »
Ils ont développé le CROCHET (agrégation compacte des cibles pour l'hybridation complète), qui permet à un utilisateur de concevoir les sondes qui saisissent le matériel génétique des espèces microbiennes, y compris les virus qui infectent des personnes. Les sondes sont basées sur n'importe quel virus humain qui est dans la base de données de GenBank (du centre national pour l'information de biotechnologie) et peut être fait par un certain nombre de sociétés commerciales de sonde-synthèse.
Dans ce travail, les chercheurs avaient l'habitude le CROCHET pour concevoir des sondes pour Zika et chikungunya et pouvaient détecter la présence des virus de Zika dans plusieurs régions avant que d'autres scientifiques aient pu à. Ceci démontre que cette stratégie pourrait aider à commander des manifestations à l'avenir. Dans le meilleur des cas, cette approche serait employée dans les emplacements où les manifestations virales sont communes. « Nous voudrions que nos associés au Nigéria puissent effectuer efficacement l'ordonnancement metagenomic des échantillons divers, et les aides de CROCHET les d'amplifier la sensibilité pour ces agents pathogènes, » ont expliqué le chercheur post-doctoral Katie Siddle.
La méthode peut également aider les cliniciens qui rencontrent les fièvres qui peuvent être provoquées par un virus, mais sont difficiles à diagnostiquer. « Nous sommes excités au sujet du potentiel d'employer l'ordonnancement metagenomic pour jeter la lumière sur ces cas et, en particulier, la possibilité de faire tellement localement dans les pays affectés, » a dit Siddle.
Le CROCHET peut facilement être employé également quand de nouveaux ordres viraux sont découverts. Les sondes conçues par Metsky et Siddle ont été également rendues disponibles pour l'usage public.
Ce travail peut non seulement améliorer notre capacité d'observer pour des manifestations virales, mais ce pourrait également faciliter des études à grande échelle des microbiomes ou devenir un outil de diagnostic.