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Deux nouveaux virus identifiés dans des échantillons de patients brésiliens

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Après une évaluation des échantillons de sang collectés au Brésil entre 2013 et 2016, les scientifiques ont trouvé deux nouvelles espèces de virus.

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Les virus ont été trouvés dans des échantillons prélevés sur des patients qui présentaient des symptômes similaires à ceux causés par Zika, comme un terrible mal de tête, une forte fièvre et une éruption cutanée. Cependant, les chercheurs ne savent pas si les nouveaux virus trouvés dans le sang des patients sont à l'origine de leurs maladies. Les découvertes, qui ont permis d'identifier un virus comme une espèce d'Ambidensovirus et l'autre comme une espèce de Chapparvovirus, ont été rapportées dans PLOS ONE.

"Ce qui nous a le plus surpris, c'est de trouver un Ambidensovirus dans un échantillon humain. Les espèces virales de ce genre n'ont été décrites que chez les insectes, les crustacés et autres invertébrés, jamais chez les mammifères", a déclaré l'auteur de l'étude, Antonio Charlys da Costa, chercheur postdoctoral à la faculté de médecine de l'université de São Paulo (FM-USP). "Cependant, nous ne savons pas encore si ces virus étaient actifs chez les patients, et encore moins s'ils étaient à l'origine des symptômes", a-t-il ajouté.

Les chercheurs pourront désormais utiliser ces données pour rechercher de nouveaux virus dans (le sang de) d'autres personnes vivant dans les régions où ces virus ont été trouvés - Ambidensovirus dans l'état d'Amapá et Chapparvovirus dans l'état de Tocantins, a indiqué le superviseur de cette recherche, Eric Delwart, un chercheur principal de l'Institut de recherche Vitalant aux États-Unis.

"Jusqu'à présent, aucune preuve n'a été trouvée que ces virus se sont propagés ou qu'ils sont pathogènes", a noté M. Delwart. "Cependant, il est scientifiquement intéressant de constater que l'Ambidensovirus a été détecté chez des hôtes humains. Cette découverte montre à quel point nous en savons peu sur la capacité de certains virus à infecter différents types de cellules"

Ces échantillons ont été recueillis par les laboratoires centraux de santé publique du Brésil (LACEN) lors de la surveillance de routine, ce qui illustre l'importance de l'analyse des échantillons cliniques pour rechercher les virus émergents.

Dans ce travail, les chercheurs ont appliqué des techniques de métagénomique, qui analysent tout le matériel génétique présent dans un échantillon (comme expliqué dans la vidéo ci-dessous). Les séquences génétiques ainsi identifiées peuvent être comparées à d'énormes bases de données pour identifier l'espèce dont elles proviennent. Si cet échantillon est du sang humain, par exemple, les outils de la métagénomique trouveront également l'ADN microbien qui s'y trouve.

Dans cette étude, 781 échantillons ont été analysés ; 80 % contenaient des annelloviraux et 19 % des pégivirus humains de type 1 (HPgV-1). Aucun de ces virus n'est censé provoquer de maladie. Le parvovirus B19, qui peut provoquer une maladie infantile courante caractérisée par une éruption cutanée et une légère fièvre, a été trouvé dans 17 % des échantillons. Seuls deux des échantillons contenaient l'espèce virale nouvellement décrite.

"L'étude se poursuit, et au total, nous avons reçu 20 000 échantillons à analyser. Ils nous envoient des échantillons dont les tests sont négatifs pour la dengue, le Zika et le chikungunya. Dans notre laboratoire à l'IMT-USP, nous effectuons des tests moléculaires pour détecter d'autres flavivirus connus [comme ceux qui causent la fièvre jaune ou la fièvre du Nil occidental], les alphavirus [y compris le virus Mayaro et d'autres espèces qui causent l'encéphalite] et les entérovirus [qui peuvent causer des maladies respiratoires et des maladies mains-pieds-bouche, entre autres]. Si nous n'en trouvons aucun, nous passons à l'analyse métagénomique", a déclaré M. Costa.

Les chercheurs tentent d'en savoir plus sur les virus présents au Brésil, ainsi que d'identifier les espèces susceptibles d'infecter les humains et de provoquer des maladies. Ce type d'étude génétique permet de révéler des virus émergents qui seraient potentiellement difficiles à différencier d'autres maladies virales et qui, autrement, passeraient inaperçus.

Des travaux supplémentaires seront encore nécessaires pour déterminer la pathogénicité de ces nouveaux virus.

"Nous avons essayé et échoué à infecter des cultures cellulaires en laboratoire, soit parce que ces virus n'infectent pas le type de cellule utilisé dans l'expérience, soit parce que les particules virales contenues dans les échantillons que nous avons analysés n'étaient plus viables. Nous ne savons pas", a déclaré M. Costa.

Un deuxième échantillon a été obtenu du patient infecté par le Chapparvovirus, de sorte qu'une analyse plus approfondie peut être effectuée pour voir si les virus ont stimulé une réponse anticorps.

"L'idée est de voir si ce patient et sa famille ont des anticorps contre ce microorganisme, auquel cas ils ont été infectés dans le passé et ont produit une réponse contre le virus", a déclaré M. Costa.