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Suivi des nouveaux variants de COVID-19 par la bioinformatique

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Comment la surveillance et les tests continus aideront à gérer les épidémies potentielles de nouvelles variantes

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Paul Oladimeji, PhD, est un chercheur spécialisé dans les technologies PCR et est actuellement responsable du développement des produits au sein du groupe Novacyt. Son expérience antérieure comprend l'étude des perturbations de la voie moléculaire DISC1 dans les principaux troubles psychiatriques et l'identification de variantes cis-régulatrices dans AKT1, un gène candidat de susceptibilité à la schizophrénie. Les nombreuses années d'expérience et d'expertise de Paul ont aidé le Novacyt Group à lancer l'un des premiers kits de test COVID-19 de référence au monde pour aider à gérer la pandémie.

Q : QU'EST-CE QUI DIFFÉRENCIE LES PRODUITS DE DIAGNOSTIC DU COVID-19 DU GROUPE NOVACYT DES AUTRES PRODUITS SUR LE MARCHÉ ?

R : Nous avons plus de 500 produits détectant une variété d'agents pathogènes. Chaque produit détecte un micro-organisme, un microbe ou un virus à l'origine d'une maladie. Nous avons cette gamme parce que nos clients ont besoin de produits pour détecter certaines maladies qui ne sont pas aussi bien servies par l'espace de diagnostic moléculaire, comme les maladies tropicales négligées.

Notre expertise dans la couverture d'un tel éventail d'agents pathogènes nous a permis d'être les premiers à fabriquer un produit pour la détection du SRAS-CoV-2. La rapidité avec laquelle nous avons développé le produit nous a permis d'être les premiers à proposer un diagnostic pour le SRAS-CoV-2 en Europe, les deuxièmes à être approuvés par l'OMS et les cinquièmes à être approuvés par la FDA.

La particularité de nos produits est que nous les avons conçus pour qu'ils puissent être utilisés sur une variété d'instruments. Nous sommes agnostiques en matière de systèmes. Nous disposons d'un vaste catalogue de produits qui vont au-delà des 10 ou 20 produits habituels et qui sont conçus pour fonctionner sur nos propres instruments qPCR et sur les instruments d'autres fournisseurs. Donc, si vous avez un laboratoire et un instrument qPCR, nos produits peuvent vous être utiles.

Notre produit approuvé par la FDA pour le SARS-CoV-2 présente un certain nombre de caractéristiques distinctives. L'une d'entre elles est qu'il peut être automatisé ou que vous pouvez effectuer une extraction manuelle. Nos produits ont été validés comme étant compatibles avec un système automatisé pour les laboratoires à haut débit et à automatisation de masse. Nous avons également un produit d'extraction manuelle pour les laboratoires qui ne disposent pas de ces systèmes automatisés.

Q : COMMENT VOS PRODUITS SE SONT-ILS COMPORTÉS AVEC LES VARIANTES DE COVID-19 ?

R : Le produit n'est pas seulement le test qui se présente à la porte, et je pense que c'est quelque chose que les gens dans les laboratoires doivent comprendre. Les agents pathogènes ne sont pas immobiles. Vous avez affaire à des systèmes dynamiques et pendant toute l'année où nos produits ont été sur le terrain, le virus SRAS-CoV-2 a évolué. Tout le monde ne le connaît pas encore, mais nous avons été parmi les premiers, en avril 2020, à commencer à publier notre surveillance bioinformatique. Depuis que nous avons lancé notre diagnostic, nous publions chaque semaine des données bioinformatiques qui disent : "Voici ce que fait le virus, et notre produit va encore le détecter." Nous détectons toujours toutes les variantes du SRAS-CoV-2 qui existent avec notre produit.

S'il y avait une chose unique que nous faisions pour nos produits, à part les lancer avant nos concurrents, ce serait de faire la surveillance bioinformatique avec une vraie rigueur statistique avant que cela ne devienne sexy et que tout le monde le fasse.

Les variantes sont très intéressantes car elles captent l'imagination du public. Il y a des variantes tout le temps ; chaque jour, il y a une nouvelle variante, mais cette variante va-t-elle avoir une quelconque importance ? La plupart des variantes arrivent et vous ne les verrez probablement jamais, n'en entendrez jamais parler ou ne les rencontrerez jamais, car elles n'offrent aucun avantage biologique. Elles se mélangent donc à la population générale et les mutations qui définissent cette variante ne dureront pas longtemps dans la prochaine génération ou la prochaine vague. Mais nous les avons toutes suivies, et lorsque vous incluez toutes les séquences qui ont été publiées, nous couvrons 99,8 % d'entre elles sans aucune discordance. Nous prévoyons toujours de détecter celles qui le sont, et nous avons effectué des modélisations en silice et des expériences réelles en laboratoire humide sur des versions de variants présentant des désaccords avec nos amorces et nos sondes, et nous avons démontré que nous pouvions toujours les détecter. Nous parlons donc de surveillance bioinformatique à un niveau qui n'a jamais été la norme dans l'industrie, mais nous sommes vraiment fiers d'établir la norme.

Q : COMMENT VOYEZ-VOUS L'ÉVOLUTION DE LA NÉCESSITÉ DE CES TESTS DE DIAGNOSTIC DANS UN AVENIR PROCHE ?

R : Bien sûr, on entend parler dans le secteur du plateau COVID, mais je pense qu'il s'agira d'un plateau élevé. Le COVID ne va pas disparaître - il va rester avec nous dans un avenir prévisible et nous devrons le gérer, comme nous le faisons pour la grippe. Le test COVID nous permettra de suivre toutes les nouvelles vagues et de gérer les mesures de sécurité nécessaires à mettre en place avec une approche basée sur le risque. Le test COVID-19 contribuera à protéger l'ensemble de la population en nous permettant de gérer les éventuelles épidémies de nouvelles variantes à l'avenir.