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Le D3 Array™ comble les lacunes laissées par la NGS et la qPCR

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PathogenDx se développe dans les laboratoires cliniques, en proposant des tests multiplex à faible coût avec le D3 Array™

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De l'avènement des microscopes à la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR) et au séquençage de nouvelle génération (NGS), les laboratoires cliniques sont plus à même que jamais de réaliser des tests de diagnostic efficaces. Cependant, même les puissants outils de diagnostic d'aujourd'hui ne peuvent pas tout faire - il reste nécessaire de réaliser de nouvelles avancées pour accélérer et améliorer les tests cliniques.

Là où la qPCR et la NGS ne suffisent pas, PathogenDx cherche à combler les lacunes en relevant les défis en matière de performance, de débit et de coût en ce qui concerne les tests multiplex avec l'expansion de leur plateforme D3 Array™.

La nouvelle plateforme D3 Array™

Développés à l'origine pour le secteur du cannabis, les chercheurs de PathogenDx savaient que leur matrice était capable de bien plus et ont jeté leur dévolu sur l'industrie clinique. Il s'est avéré difficile au début de percer dans ces secteurs, car l'une des grandes forces du D3 Array™ est sa capacité à tester près de 100 cibles en trois exemplaires dans un temps relativement court, ce qui le rend idéal pour les tests de variants - quelque chose qui n'était pas considéré comme nécessaire auparavant.

"Le gouvernement et les médecins diraient qu'il n'y a pas d'utilité clinique à tester les variantes", déclare Milan Patel, PDG et cofondateur de PathogenDx, qui s'est récemment entretenu avec Lab Manager. Cependant, lorsque le monde a été frappé par le COVID-19, la demande de tests rapides de variants a augmenté de façon spectaculaire. "Nous pouvions détecter [à l'aide du D3 Array™] non seulement le SARS-CoV-2, mais aussi des variants importants d'un point de vue clinique."

En prouvant l'utilité du D3 Array™ au plus fort de la pandémie, PathogenDx avait positionné son réseau de façon à ce qu'il puisse s'opposer aux outils de diagnostic tels que la qPCR et la NGS dans le secteur clinique. "La prochaine progression naturelle de l'utilisation de notre technologie se situe dans le domaine des maladies infectieuses", ajoute-t-il.

Patel et les développeurs du D3 Array™ ont également réalisé que cette forme de test n'était pas exclusivement utile pour les diagnostics humains, mais qu'elle pouvait également être utilisée dans les secteurs de l'alimentation et de l'agriculture. Les salmonelles, par exemple, ont également des variantes qui causent des infections, et PathogenDx a donc développé un test de sérotypage des salmonelles pour le D3 Array™ qui évalue 13 sous-espèces différentes de salmonelles dans le même test.

La possibilité de passer rapidement à ces autres secteurs est un autre point fort du D3 Array™, qui est très normalisé dans les différents laboratoires. "Le réseau n'est pas différent entre ce que vous voyez dans un réseau de tests de cannabis, un réseau clinique ou un réseau alimentaire. Il s'agit de la même matrice. Si vous recherchez E. Coli dans le cannabis et que vous recherchez E. Coli dans un panel GI clinique ou E. Coli dans l'alimentation, il s'agit exactement de la même matrice - les amorces et les sondes sont toutes les mêmes", explique M. Patel. "C'est là toute la beauté de cette technologie

Rapide, abordable et précise

Bien que la qPCR et la NGS soient des outils puissants et utiles, le marché des tests de diagnostic présente encore des lacunes. En ce qui concerne la qPCR, les tests de multiplexage ont souvent un débit limité, tandis que la NGS, qui a un débit encore plus faible, prend beaucoup de temps et est d'un coût prohibitif. Cherchant à répondre à ces préoccupations, le D3 Array™ se targue d'un débit et d'une vitesse élevés, ainsi que d'être une option beaucoup plus rentable pour les laboratoires de diagnostic.

"Les meilleurs atouts du [D3 Array™] sont qu'il ne coûte qu'une fraction du coût du séquençage next-gen, qu'il offre le même niveau de capacité de multiplexage que le séquençage next-gen et qu'il surpasse tout ce que la qPCR peut faire", explique M. Patel. Alors que le NGS peut prendre des semaines pour fournir des résultats, le D3 Array™ ne prend que quelques jours, ce qui signifie que les cliniciens peuvent élaborer des plans de traitement plus rapidement et fournir une médecine de précision à des taux plus efficaces et plus rentables, dit-il.

Les infections urinaires et au-delà

PathogenDx a l'intention de continuer à étendre l'utilisation du D3 Array™ dans d'autres domaines cliniques qui utilisent des tests multiplex, tels que le diagnostic des infections urinaires (UTI) et la résistance aux antibiotiques des agents pathogènes responsables d'infections, avec des applications potentielles dans le domaine de la santé des femmes et du diagnostic du cancer. Le D3 Array™ peut également avoir des applications potentielles dans la télésanté et les tests de diagnostic à domicile dans certains cas d'utilisation, tels que les IST.

Indépendamment de ce que l'avenir nous réserve, les cerveaux de PathogenDx sont convaincus que le D3 Array™ mènera la charge vers de meilleurs diagnostics afin de fournir aux cliniciens des informations plus exploitables pour les diagnostics et les traitements, ainsi que des tests multiplex de meilleure qualité et plus rentables. "Il y a des problèmes concernant [la qPCR et la NGS] que cette technologie particulière des puces à ADN D3 Array™ aborde complètement en termes de besoins du marché", déclare Patel, "qu'il s'agisse de maladies infectieuses dans le domaine du diagnostic moléculaire ou d'autres applications de multiplexage."