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Test COVID-19

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Pourquoi utiliser un écouvillon nasal plus douloureux ?

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Le test COVID-19 est désormais entré dans notre vie quotidienne, mais de nombreuses personnes se posent encore de grandes questions sur les principes des tests d'acide nucléique. Pourquoi les tests d'acide nucléique nécessitent-ils l'utilisation d'un écouvillon nasal ? Quelle en est la raison ? Examinons la question sous l'angle du principe.

La technique la plus couramment utilisée pour les tests d'acide nucléique est la RT-PCR (Real-time Quantitative PCR, Real-time Polymerase Chain Reaction), également appelée qPCR (Quantitave Polymerase Chain Reaction), qui est en fait une technique très mature dans la pratique clinique. La qPCR (RT-PCR) est actuellement la méthode privilégiée pour la quantification de l'ADN/ARN dans le domaine de la biologie moléculaire.

Contrairement à la PCR classique, la qPCR est une méthode capable de quantifier en temps réel, ce qui signifie qu'elle peut contrôler la quantité exacte d'ADN amplifié dans l'échantillon en temps réel. Cependant, dans la PCR classique, l'ADN amplifié ne peut être détecté qu'une fois l'amplification terminée (détection du point final).

Pour prendre l'exemple du virus COVID-19, l'ARN viral peut être utilisé comme modèle d'amplification, transcrit de manière inverse en ADNc, puis amplifié par qPCR.

Dans la réaction qPCR, la PCR en cours d'amplification est marquée avec un combustible fluorescent (généralement SYBR GREEN I) et la fluorescence est détectée tout au long du processus qPCR (30-45 cycles). Plus il y a de molécules d'ADN dans l'échantillon, plus la fluorescence augmente rapidement pendant le cycle de PCR. L'intensité du signal de fluorescence de la qPCR est proportionnelle à la quantité initiale d'ADN, c'est-à-dire que plus il y a de virus dans l'échantillon, plus la fluorescence sera détectée tôt dans le cycle. Le cycle au cours duquel le signal de fluorescence peut être détecté est appelé point de croisement (Cq en abrégé).

P2 : L'image représente l'amplification de la qPCR (les deux premiers cycles) qui se produit dans un tube PCR. La qPCR comporte différentes variantes de la molécule de signalisation et différentes méthodes pour son marquage fluorescent peuvent être mises en œuvre. Les deux principes les plus courants sont présentés dans l'image. La partie gauche montre la variante 5′-nucléase, qui utilise le mécanisme FRET (transfert d'énergie par résonance de fluorescence), où la fluorescence du fluorophore rapporteur (R) est transférée au quencher (Q) et n'est pas émise tant que le R et le Q sont ensemble (comme TaqMan). Lorsque les deux sont délocalisés (lorsque la sonde est retirée pendant l'extension de la PCR par l'activité 5′-de nucléase de la TaqDNA polymérase), le R est libre de fluorescer et peut alors être détecté. La section de droite représente une variante de la qPCR qui utilise la fluorescence d'intercalation (par exemple, le SYBR Green). On utilise des colorants d'intercalation spéciaux qui augmentent fortement la quantité de fluorescence émise lorsqu'ils sont insérés dans l'ADNdb.

P3 : Les tracés d'amplification de cinq échantillons (S1- S5) sont présentés. Lorsque l'ADN de chaque échantillon est amplifié, la fluorescence augmente pour chaque cycle. Dans l'exemple ci-dessus, l'échantillon S1 contient la plus grande quantité initiale d'ADN cible, ce qui entraîne l'augmentation la plus rapide de la fluorescence. L'échantillon S4 contient le plus petit nombre de molécules d'ADN cible initial, tandis que S5 ne contient pas d'ADN cible.

En d'autres termes, plus il y a de virus dans l'écouvillon nasopharyngé, plus il est facile de détecter le nouveau coronavirus. Par conséquent, dans la pratique clinique, un écouvillon nasal sera appliqué pour plus de précision, et on considère généralement que la cavité nasale contient une charge virale plus élevée.

Ainsi, préférez-vous utiliser un écouvillon nasal ou un écouvillon pharyngé ? Dites-nous ce que vous en pensez !