La cartographie transcriptomique spatiale des gènes permet de mieux comprendre les maladies inflammatoires de l'intestin

La cartographie transcriptomique spatiale des gènes permet de mieux comprendre les maladies inflammatoires de l'intestin

Des chercheurs du Karolinska College en Suède ont utilisé une technique appelée transcriptomique spatiale (st) pour analyser l'expression des gènes dans le côlon de la souris et ont dessiné une carte montrant l'emplacement de l'expression d'un seul gène dans le tissu. En superposant à cette carte des données transcriptionnelles humaines déjà connues, les chercheurs ont acquis une nouvelle compréhension des maladies inflammatoires de l'intestin (MII).

L'activité transcriptionnelle d'une seule cellule du côlon est cartographiée à l'aide d'une technique appelée génomique statique. C'est la première fois que l'on peut visualiser l'expression génétique de l'ensemble de l'intestin, y compris la santé et la récupération après une blessure.

L'utilisation de la technologie de visualisation spatiale basée sur le transcriptome permet aux chercheurs de découvrir plusieurs aspects inconnus auparavant, comme le fait que le côlon est divisé en plus de parties qu'on ne le pensait.

Lorsque les résultats ont été combinés avec des données transcriptionnelles connues provenant de tissus humains, les scientifiques ont remarqué que l'emplacement de certaines cellules intestinales était le même chez les souris et les humains, ce qui a fait du modèle un outil permettant de comprendre comment différentes maladies, telles que les MICI, affectent les cellules intestinales.

Dans une étude antérieure, l'équipe d'Eduardo J. Villablanca a montré que la colite ulcéreuse peut être divisée en deux sous-groupes dont l'expression génétique est différente. En utilisant la nouvelle carte, ils ont découvert que les gènes des maladies les plus difficiles à traiter se trouvaient dans des tissus plus gravement endommagés.

De même, la carte génétique peut être utilisée pour déterminer la localisation active des cellules humaines dans le côlon, ce qui peut contribuer de manière significative au développement de nouvelles thérapies et de nouveaux médicaments.

La transcriptomique spatiale a été développée par des scientifiques du Royal Institute of Technology et du Karolinska College à Scilifelab. Elle permet de visualiser l'expression des gènes dans les tissus. Cependant, afin de visualiser les organes tubulaires longs tels que le côlon, les chercheurs à l'origine de l'étude ont appliqué la technologie d'une manière novatrice. En enroulant le côlon comme un rouleau suisse, ils ont réussi à faire tenir et à cartographier l'ensemble de la carte d'expression génique d'un long organe.

Les chercheurs veulent maintenant utiliser la même méthode pour créer des cartes similaires pour tous les organes digestifs, de la bouche au rectum. Leur objectif est de créer des cartes de référence pour l'expression des gènes dans tous ces tissus.

La carte génétique de l'ensemble de l'organe digestif jouera un rôle dans de nombreux domaines, tels que l'exploration de la relation entre les bactéries intestinales et l'expression génétique des cellules, et une meilleure compréhension de la manière dont les différents régimes alimentaires affectent leurs fonctions.

L'étude a été publiée dans la revue Nature communications.